Несмотря на то, что Историко-социологический институт сравнительно молодое подразделение Мордовского госуниверситета, здесь имеются глубокие корни научно-исследовательской работы. Являясь правопреемником исторического факультета , институт унаследовал традиции исследований научных школ и направлений, известных далеко за пределами Мордовии. В разные годы в стенах университета работали известные историки П. Д. Степанов, Л. Д. Гордон, А. В. Клеянкин , И. Д. Воронин , М. Г. Сафаргалиев и др.

За время своего существования ИСИ достиг определенных результатов: созданы диссертационные советы, сформированы новые научные школы, проводятся научные конференции и чтения, изданы многочисленные монографии и учебные пособия.

Большую роль в активизации научно-исследовательской работы играют конференции. Ежегодно в институте проводятся несколько научных конференции (Бахтинские, Степановские, Сафаргалиевские, Клеянкинские, Воронинские и Огаревские чтения). Наибольшее внимание на них уделяется проблемам методологии и культуры гуманитарных исследований, современному состоянию и перспективам развития Поволжья.

Конференции играют огромную роль в становлении молодых ученых, позволяют им познать структуру научного знания, вынести на суд научной общественности результаты своих изысканий. На научных чтениях происходит апробация новых разработок в области гуманитарного знания, по их итогам издаются сборники статей.

Фундаментальная научно-исследовательская работа в последние годы проводилась по грантам.